Šimonytė dilahirkan di Vilnius kepada seorang ayah yang bekerja sebagai jurutera awam, dan seorang ibu, Danutė Šimonienė, yang bekerja sebagai ahli ekonomi.[5] Beliau berpindah ke daerah Antakalnis Vilnius bersama ibu bapanya pada tahun 1984, di mana beliau menghabiskan sebahagian besar masa kanak-kanak dan tahun formatifnya. Pada 1992, Šimonytė menamatkan sesi persekolahan di Gimnasium Vilnius Žirmūnai, di mana beliau diiktiraf dan dianugerahkan kerana kemahiran akademiknya dalam matematik.[6]

Setelah menamatkan pengajian, beliau mendaftar di Fakulti Ekonomi di Universiti Vilnius, lulus dengan ijazah dalam bidang pentadbiran perniagaan pada 1996. Beliau kemudian kembali ke institusi tersebut, dan mendapat ijazah sarjana dalam bidang ekonomi pada 1998.[6]